V živočišné výrobě se podnik postupně specializoval na chov dojného skotu a výkrm drůbeže.
Chov dojných krav je od roku 1996 soustředěn na středisku Malonice s následným odchovem mladého skotu na středisku Jindřichovice. V současné době je na těchto střediscích chováno cca 400 kusů krav, 250 jalovic a 150 telat. Telata dojných krav – jalovičky jsou využívány k obnově vlastního stáda, býčci jsou prodáváni ve věku 2 měsíců. Chov je specializován na krávy holštýnského plemene a současná užitkovost stáda je na úrovni 8 300 kg mléka na krávu a rok. Veškerá produkce mléka ( cca 3 miliony litrů mléka ročně) je prodávána do Mlékárny Klatovy, a.s.
V letech 1996-2001 proběhla první vlna modernizace ustájení, v jejímž počátku byly krávy dosud chované v malých vazných stájích centrálně soustředěny do rekonstruované velkokapacitní stáje v Malonicích s volným boxovým ustájením zvířat. Tímto opatřením, které výrazně zvýšilo produktivitu práce, došlo k dalšímu rozvoji chovu dojného skotu.
Vstup do Evropské unie v roce 2004 znamenal možnost čerpání prostředků evropských fondů z Operačního programu zemědělství (OPZ), respektive Programu rozvoje venkova (PRV). Požadavky na wellfare zvířat a přísná kritéria v oblasti statkových hnojiv určily směr budoucích investic. V roce 2003 byla vystavěna nová jímka na kejdu v Malonicích s kapacitou 4 000 m3, v roce 2004 proběhla další modernizace stájí. V roce 2006 v rámci operačního programu byla na farmě v Malonicích ve spolupráci s firmou Agromont Vimperk rekonstruována rybinová dojírna.
Na farmě Malonice byla rovněž v roce 2007 realizována novostavba silážního žlabu a stáje pro telata ( včetně jímky). Pro zajišťování krmení byl pořízen traktor John Deere a míchací vůz Faresin. V roce 2011 byl vybudován silážní žlab o kapacitě 4 500 m3. Celkové investice modernizací farem pro chov mléčného skotu dosáhly výše přes 50 milionů korun.
V současné době se připravují podklady pro společné územní a stavební řízení na akci modernizace farmy Malonice, to je pro výstavbu nové produkční stáje a jejího příslušenství.
Původní pastevní chov krav bez tržní produkce mléka na středisku Kolinec byl ke konci roku 2008 Zemědělským obchodním družstvem se sídlem v Kolinci ukončen. Od 1.1.2009 chov převzala 100% dceřiná společnost Zemědělského obchodního družstva Kolinec, a to nově založená Ekofarma Kolinec, s.r.o. Ekofarma obhospodařuje cca 500 ha trvalých travních porostů, z nichž většinu tvoří pastviny na jinak těžko obdělávatelných půdních blocích.
Středisky chovu masného skotu jsou farmy Vlčkovice a Mlázovy, na každé farmě se chovají 2 základní stáda matek. Celkem Ekofarma v pastevních areálech chová 400 kusů masného skotu. Stádo masného skotu bylo vytvořeno převodným křížením, kdy původní červenostrakaté krávy byly připouštěny býky masných plemen skotu. V současné době se Ekofarma zaměřuje na chov plemene charolais a limousine. Reprodukce se provádí přirozenou plemenitbou. Telata se prodávají v kategorii zástav, přitom část jaloviček je ponechána k obměně stáda.